◆细胞形态与结构分析：扫描电镜能够以极高的分辨率观察细胞的表面形态，包括细胞膜、细胞质内的细胞器（如线粒体、叶绿体等）的形态和位置分布。这对于理解细胞的生理功能和病理变化具有重要意义。

◆组织结构与功能研究：通过扫描电镜，可以观察不同组织（如上皮组织、结缔组织等）的微观结构，以及这些结构如何支持组织的功能。例如，在医学领域，可用于研究骨骼结构、血管壁结构等。

◆微生物形态观察：扫描电镜可用于细菌、真菌等微生物的形态观察，包括其细胞壁结构、鞭毛、纤毛等细微结构的观察。这对于微生物的分类、鉴定以及生态学研究具有重要价值。

◆微生物与宿主相互作用：通过扫描电镜，可以观察微生物在宿主细胞或组织上的附着、入侵及繁殖过程，揭示微生物与宿主之间的相互作用机制。

◆生物材料研究：扫描电镜可用于研究生物材料的表面形貌、孔隙结构等特性，以优化生物材料的性能和应用效果。

◆疾病诊断：扫描电镜技术在医学形态学的研究中已成为不可缺少的科研工具与手段。它可以用于疑难病症的电镜诊断，如通过观察病变组织的微观结构来辅助医生进行诊断。

◆药物研发：在药物研发过程中，扫描电镜可用于观察药物对细胞或组织的影响，包括药物的吸收、分布、代谢和排泄等过程，为药物的设计和优化提供重要信息。

◆组织工程与再生医学：扫描电镜可用于观察组织工程产品的微观结构，如人工皮肤、人工血管等，以评估其质量和功能。同时，也可用于研究干细胞分化过程中的形态变化。